購入の際、例えば私はバラさず見れるところはすべて見ています。
車種・車体の値段・走行距離によってマチマチですが、
視覚で見るところとして

・車体全体の印象(歪み等が無いか。これは試乗でも感じられる部分)
・転倒跡他外観の傷(足回りも当然)
・ハンドルストッパー(ステム)
・前後サスのオイル漏れの有無
・消耗品の状態
・改造されている場合は、その部分の取り付け状態
・書類。所有者と使用者の欄(売り手が確かに所有者であるか)

…が最低限見ておくべきところでしょうか？多いな。。。
あとは事前に同一車種の他の車体をいくつか見ておき記憶の中で比較する、消耗品など交換が考えられる部分の費用・修理方法・手間を暗算する。これも大事ですね。

とりあえず、第一印象は大事にしてください。違和感を感じてしまった車体は大抵何かあります。意外と第六感って当たったりもします。
実物を目の前にすると「どうしてもこれ欲しい！」と舞い上がりがちですので、あくまで冷静に。
なかなか経験積まないと精度の高い見極めは難しいかも。
参考になるかどうかわかりませんが、とりあえず。